I malfunzionamenti visibili (acqua, sedimenti, flora) sono solo i sintomi di una saturazione chimica dell'ambiente. Gli indicatori di allarme sono i seguenti:
- Torbidità persistente: L'acqua presenta un'opacità cronica, verde (fitoplancton) o marrone (materia umica), che resiste al ricambio idraulico.
- Proliferazione vegetale opportunista: Sviluppo massiccio e rapido di alghe filamentose o di macrofite invasive (Giunchiglia, Myriophyllum) favorite da un ambiente ricco.
- Attività bentonica anaerobica : Rilascio di bolle in superficie (metano) e odori solforati (H₂S) durante il rimescolamento dell'acqua, segno di una fermentazione attiva dei fondali.
- Sedimentazione rapida: Accumulo di un fango nero, fluido e non mineralizzato, che riduce la batimetria utile.
- Instabilità dell'ossigeno disciolto: I pesci mostrano segni di ipossia (affioramento in superficie) all'alba, conseguenza del consumo notturno di ossigeno da parte della biomassa.
